国家教育督导团于2005年10月17日至29日，先后派出四个督导检查组，对黑龙江、湖北、湖南、陕西、甘肃、云南等六省的“两免一补”工作和教育经费“三个增长”落实情况进行专项督导检查。督导检查组分别听取了六省政府关于“两免一补”工作和教育经费“三个增长”落实情况的汇报，并深入到九个地（州、市）、十二个县（市），抽查了74所农村中小学校。通过听汇报、召开学校干部教师和家长座谈会，查阅资料以及到校进班对学生进行直接询问等方式调查了解情况，进行督导检查。

国家教育督导团对六省“两免一补”工作所取得的成绩给予了充分肯定，同时也指出了“两免一补”工作中存在的问题，并提出了相应的整改意见。